一類外泌體中常見的細胞質蛋白是Rabs蛋白，是鳥苷酸三磷酸酶(,)家族的一種。它可以調節外泌體膜與受體細胞的融合，有文獻報道稱RAB4,RAB5和 主要出現于早期以及回收的核內體中，RAB7 和RAB9主要出現于晚期的核內體。現有大量的研究發現外泌體中含有40種RAB蛋白。除了RAB蛋白，外泌體中富含具有外泌體膜交換以及融合作用的膜聯蛋白（包括膜聯蛋白1、2、4、5、6、7、11等）。外泌體膜上富含參與外泌體運輸的四跨膜蛋白家族（CD63,CD81 和CD9)）、
熱休克蛋白家族（(, , , CCT2和以及一些細胞特的蛋白包括A33（結腸上皮細胞來源）、MHC-Ⅱ(抗原提呈細胞來源)、CD86(抗原提呈細胞來源)以及乳凝集素（不成熟的樹突狀細胞）。其它一些外泌體中的蛋白包括多種的代謝類的酶（,烯醇化酶 1, 醛縮酶 1, PKM2, PGK1, , ,DPP4, AHCY, TPL1, 抗氧化蛋白,P4HB, LDH, 親環素 A,FASN, MDH1 和CNP）、核糖體蛋白（RPS3）、信號轉導因子（黑色素瘤分化相關因子,ARF1, CD2, 人類紅細胞膜整合蛋白,）、粘附因子（、整合素）、細胞骨架蛋白以及泛素等。
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